Historia szkoły w Lipnicy Dolnej sięga okresu międzywojennego. 1 września 1938 roku Kuratorium Okręgu Szkolnego Krakowskiego utworzyło tzw. jednoklasówkę, w której nauka odbywała się w systemie dwuzmianowym. Nauka odywała się w izbie wynajętej od pana Pawła Banacha przez Urząd Gminy w Kołaczycach.
Wybuch II wojny światowej spowodował opóźnienie w rozpoczęciu nauki w roku szkolnym 1939/40. Lekcje zamiast 3 września rozpoczęły się 7 listopada. Dzieci nie uczyły się historii i geografii, a zamiast tego wprowadzono język niemiecki.
1 września 1944 roku rozpoczął się nowy rok szkolny. Jednak po 6 dniach szkoła została zamknięta z powodu nalotów. 17 stycznia 1945 roku ostatni Niemiec opuścił Lipnicę Dolną, a 10 lutego wznowiono naukę szkolną.
Podczas wakacji 1945 roku wybrano Komitet Budowy Szkoły, a w sierpniu gotowe były plany budowy. W roku szkolnym 1945/46 wynajęto drugą izbę szkolną we dworze u Anny Chmielewskiej. Rozpoczęto budowę szkoły, a materiał pozyskano z przeznaczonego do rozbiórki dworu w Dąbrówce. Zorganizowane zostały również kursy dokształcające dla dorosłej młodzieży.
W czerwcu 1946 roku przystąpiono do budowy fundamentów. Na początku lipca rozpoczęto wznoszenie murów. Poświęcenie kamienia węgielnego odbyło się 15 lipca, a 20 sierpnia mury były już gotowe. We wrześniu 1948 roku rozpoczęły się pierwsze lekcje w nowej szkole. 25 sierpnia 1965 roku do szkoły doprowadzono energię elektryczną w związku z elektryfikacją Lipnicy Dolnej.
W sierpniu 1972 roku rozpoczęto rozbudowę szkoły. Jesienią wykonano fundamenty, a rok później wzniesiono ściany. W 1974 podjęto decyzję o dobudowaniu piętra na przybudówce. Dwa lata później uczniowie mieli do dyspozycji nowe sale lekcyjne i toalety.
W 1992 roku utworzono Społeczny Komitet Rozbudowy Szkoły Podstawowej w Lipnicy Dolnej. Podczas wakacji został rozebrany stary dach, ułożono nowy strop i konstrukcję więźby dachowej, a następnie pokryto ją blachą. Równocześnie trwał remont wewnątrz budynku. 30 marca 1993 roku Komisja Odbioru uznała, że remont szkoły został wykonany prawidłowo. Do użytku zostały oddane nowe sale lekcyjne, kancelaria dyrektora szkoły, kuchenka, sklepik szkolny i magazyn pomocy naukowych oraz pomieszczenie księgowości. Po odbiorze rozpoczęto prace na zewnątrz budynku. Wykonano nową elewację i dobudowano wiatrołap, utworzono parking dla samochodów i powiększono boisko szkolne oraz położono chodniki.
10 października 1993 roku miała miejsce uroczystość poświęcenia Szkoły, nadania jej imienia Ojca Świętego Jana Pawła II i odsłonięcia tablicy pamiątkowej. Mszę Świętą celebrował ks. Biskup Edward Białogłowski. W czasie uroczystości wręczono pani Dyrektor Szkoły mgr inż. Marii Kurowskiej i pani mgr Annie Dybaś nagrody Kuratora Oświaty.
W 1999 roku w wyniku reformy systemu oświaty utworzone zostało Gimnazjum w Lipnicy Dolnej, którego dyrektorem została pani mgr Urszula Chochół.
12 października 2003 roku miała miejsce uroczystość poświęcenia Sztandaru Szkoły Podstawowej i Gimnazjum im. Jana Pawła II w Lipnicy Dolnej.
W wyborach samorządowych w 2006 r. dotychaczasowa pani Dyrektor Szkoły w Lipnicy Dolnej Maria Kurowska została wybrana na stanowisko Burmistrza Miasta Jasła. Szkoła Podstawowa i Gimnazjum zostały połączone w Zespół Szkół w Lipnicy Dolnej, którego dyrektorem została pani mgr Urszula Chochół.
W 2009 roku rozpoczęła się budowa nowej sali gimnastycznej mającej służyć społeczności szkolnej.
24 maja 2011 r. kurator Antoni Wydro dokonał odsłonięcia tablicy „Szkoły Odkrywców Talentów”. Tytuł ten otrzymała nasza szkoła jako piąta w powiecie jasielskim i pierwsza ze szkół wiejskich na terenie naszego powiatu oraz jedyna w gminie.
29 marca 2012 r. radni gminy Brzyska zdecydowali o zlikwidowaniu Zespołu Szkół w Lipnicy Dolnej. Decyzję podjęli wbrew całej społeczności lipnickiej, związków zawodowych, opinii Podkarpackiego Kuratora Oświaty, autorytetów Kościoła naszej diecezji i innych ważnych władz politycznych.
20 kwietnia 2012 r. utworzono Stowarzyszenie „Szkoła Przyszłości”. Powołało ono do istnienia Zespół Szkół Społecznych, w skład którego wchodzą: Społeczna Szkoła Podstawowa im. Jana Pawła II w Lipnicy Dolnej oraz Społeczne Gimnazjum im. Jana Pawła II w Lipnicy Dolnej.
Od 1 września 2012 r. szkoła zaczęła funkcjonować na nowych zasadach. Dyrektorem szkoły została p. Urszula Chochół.
Dotychczasowi dyrektorzy (kierownicy) Szkoły:
1939-1949 Zofia Mialowicz
1949-1950 Bronisława Bigos
1951-1958 Stanisław Skocz
1958-1961 Stanisław Grzybiński
1961-1991 Stanisław Trznadel
1991-2006 Maria Kurowska
od 1999 Urszula Chochół